《指引》要求，按照完整的生態(tài)循環(huán)農(nóng)業(yè)鏈條進行項目設(shè)計，項目建設(shè)原則上須包括畜禽養(yǎng)殖廢棄物資源化利用、農(nóng)副資源綜合開發(fā)、標準化清潔化生產(chǎn)等三部分內(nèi)容，同時兼顧資源利用的多樣化和廢棄物處理的不同方式。

在具體項目設(shè)計時，項目單位可根據(jù)區(qū)域和自身條件，在完整設(shè)計的項目建設(shè)內(nèi)容中，圍繞關(guān)鍵環(huán)節(jié)、關(guān)鍵措施、關(guān)鍵技術(shù)，進行菜單式選擇和搭配。

就投入規(guī)模而言，《指引》明確提出，單個項目中央財政資金投入控制在1000萬元左右（地方財政資金投入比例高的省份可適當降低中央財政資金投入規(guī)模，全部財政資金投入控制在1500萬元左右）。